En el año 1990 se da inicio como Escuela Atanasio Girardot, que contaba con 2 aulas y una batería sanitaria, 2 docentes para atender un promedio de 80 estudiantes en grado primero, junto con la directora licenciada Ana Edilma Rojas.
Para el año 1992 se presenta la licenciada Olga Cardona y con su gestión se logró que en año 1993, el programa “lleva una escuelita en el corazón” patrocinada por Afometa, hicieran 2 aulas y junto con los padres de familia construyeron 2 aulas más, para completar un total de 6 aulas, en el año 1995 se presenta la Licenciada Dora Oliva Orjuela como directora encargada y gestiona ante el señor Alcalde Juan de Dios Bermúdez a través de un proyecto el encerramiento de la Escuela, para poder atender a una población de 270 estudiantes en grados de transición a grado quinto.
Conformando ya en su totalidad la prestación del servicio educativo de básica primaria, teniendo instalaciones con 25 aulas, 2 baterías sanitarias, 1 oficina de coordinación, 1 sala de sistemas no completa, 1 salón para danzas, 1 salón como uso de archivo y 2 cafeterías.
En el año 2002 se fusiona la escuela Atanasio Girardot con la Institución Educativa Jorge Eliécer Gaitán Ayala, quedando como sede Atanasio Girardot para atender una población educativa de 1.300 estudiantes y teniendo jornada mañana y jornada tarde. Para el año 2022 la secretaria de educación municipal expidió la Resolución N°.1500.67-10/040 de fecha 17 de enero de 2022 a través de la cual crea la Institución Educativa Atanasio Girardot y le concede reconocimiento de carácter oficial, separándola como sede del colegio Jorge Eliécer Gaitán Ayala. A partir del 15 de enero del 2023 fue nombrado el Ingeniero Eduard Alex Vidales Meza como rector de la Institución.