En el año 1990 se da inicio como Escuela Atanasio Girardot, que contaba con 2 aulas y una batería sanitaria, 2 docentes para atender un promedio de 80 estudiantes en grado primero, junto con la directora licenciada Ana Edilma Rojas.
Para el año 1992 se presenta la licenciada Olga Cardona y con su gestión se logró que en año 1993, el programa “lleva una escuelita en el corazón” patrocinada por Afometa, hicieran 2 aulas y junto con los padres de familia construyeron 2 aulas más, para completar un total de 6 aulas, en el año 1995 se presenta la Licenciada Dora Oliva Orjuela como directora encargada y gestiona ante el señor Alcalde Juan de Dios Bermúdez a través de un proyecto el encerramiento de la Escuela, para poder atender a una población de 270 estudiantes en grados de transición a grado quinto.
En el año 2002 se fusiona la escuela Atanasio Girardot con la Institución Educativa Jorge Eliécer Gaitán Ayala, quedando como sede Atanasio Girardot para atender una población educativa de 1.300 estudiantes y teniendo jornada mañana y jornada tarde. Para el año 2022 la secretaria de educación municipal expidió la Resolución N°.1500.67-10/040 de fecha 17 de enero de 2022 a través de la cual crea la Institución Educativa Atanasio Girardot y le concede reconocimiento de carácter oficial, separándola como sede del colegio Jorge Eliécer Gaitán Ayala. A partir del 15 de enero del 2023 fue nombrado el Ingeniero Eduard Alex Vidales Meza como rector de la Institución.